Не хочу показаться пессимистом, но если вы исключили все причины, связанные с возможными непроклеями корпуса или пружинок на деках, особенностями конкретного комплекта струн, а также с отсечками на обоих порожках и их возможно неплотной посадке в пазах, то по-видимому дело в самой архитектуре инструмента. Либо в каком-то специфическом сочетании частот собственных колебаний дек, либо в распределении внутренних объёмов в овалах.
В этих случаях простых и очевидных вариантов решения проблемы я лично не вижу. Пытаться методом тыка играть с жесткостью дек путём подтачивания пружинок слишком рискованно, желательно экспериментировать с обратимыми вариантами. Кроме жёсткости другая возможность сместить собственную частоту колебания дек это менять их вес и распределение веса по декам. Тут есть возможность попробовать путем подклеивания каких то маленьких грузиков хоть на скотч или присоску прямо снаружи дек. Если это даст какой-то позитивный результат, то эти грузики в виде кусочков дерева можно будет приклеить в нужные места уже внутри гитары. Хотя мой личный эксперимент с невольной приклейкой тяжеленного 20 мм толщины фанерного футера не добавляет оптимизма в перспективности такого подхода. Но кто знает?
С распределением объёмов в овалах сложнее. Тут лично я вижу только один вариант- попробовать как-то раздробить этот объём. Была тема Дмитрия Разумова, в которой он делился хитростями по изготовлению дек с номексом, по пружинным схемам, по скомпенсированному расположению ладов и ещё по многому. Что-то сходу эту тему не нашёл, но там среди многих оригинальных решений было и приклейка полоски шпона по верхушкам рип на нижней деке. А вдруг!
Вообще очень странно. По вашему описанию глушится какой-то очень узкий диапазон частот. Как будто где-то прячется некая пустая полость- своеобразный резонатор Гельмгольца. Но где в гитаре из массива ей прятаться?
, надо бы переставить местами 
